Sastavljen je i ratni plan po kojem su seljaci okupljeni oko Matije Gupca i Ivana Pasanca trebali ostati u Donjoj Stubici, gdje je bilo glavno žarište pobune, kao dio vojske koja će braniti to područje, ali i čuvati granice prema Osmanlijama kako oni ne bi mogli iskoristiti nastalu situaciju i napasti zemlju. Središte pobune bilo je u Donjoj Stubici (Hrvatsko Zagorje), a buna se proširila i u slovenske krajeve čak do Štajerske i Kranjske.

Hrvatski sabor, na čelu s banom Jurajem Draškovićem, seljake je proglasio izdajicama domovine.
U noći s 27. na 28. siječnja 1573. godine napadom na Cesargrad započela je slavna Seljačka buna (ili Hrvatsko-slovenska seljačka buna, po suvremenicima nazivana još i Velika seljačka buna ili Seljački rat) pod vodstvom Ambroza Gubeca (kasnije nazvan Matija) iz Gornje Stubice, a slomljena je 9. veljače iste godine.

„Borba za pravicu!“ – staro geslo hrvatskih seljaka
Slobodoljubivi seljaci ovih krajeva, odgajani u pobožnom katoličkom duhu i vječnoj „borbi za pravicu“, naučeni na kolektivni, zemljoradnički život uzajamnog pomaganja i življenja u „zadružnim skupčinama“, nisu više mogli i htjeli podnositi teror plemstva, osobito zloglasnog Franje Tahya, kojeg su smatrali i inovjercem zbog prelaska na luteranstvo. Tahy je ove posjede dobio nakon gubitaka svojih posjeda oko Mohacsa gdje je kršćanska vojska doživjela strahovit poraz od Turaka 1526. godine, u napredovanju prema Budimu i Beču.

Za vođu bune izabran je Ambroz Gubec (kasnije nazvan Matija) iz Gornje Stubice. Ustanici se nisu samo ograničili na rušenje nepravednog feudalnog poretka negoli su ustrojili program po kojemu su planirali ukinuti vladavinu plemstva te se boriti za stvaranje samostalne seljačke države sa sjedištem u Zagrebu, uspostavljanje seljačke vlade, koja će voditi skrb o porezima i drugim davanjima za obranu domovine od Turaka. Matija Gubec je sa svojim najbližim suradnicima i prijateljima Ilijom Gregorićem, Andrijom Pasancem, Nikolom Pozepcom, Vinkom Lepoićem digao seljake na ustanak.

Nakon što su se uzalud žalili kralju i banu na zlodjela plemića, seljaci su u znak prosvjeda prestali plaćati nerazumne poreze. Nakon toga Tahy šalje svoje naoružane plaćenike, ali su ih naoružani seljaci spremno dočekali i porazili u jednoj od početnih bitaka pobune.

Zbog tog je otpora Hrvatski sabor, na čelu s banom Jurajem Draškovićem, seljake proglasio izdajicama domovine.

Vijest o osudi Sabora – masovna pobuna i rat seljaka
Vijest o osudi iz Zagreba snažno je potresla cjelokupno seljaštvo u Hrvatskoj, ali i Sloveniji gdje se širila pobuna (Štajerska i Kranjska). Počeli su se masovno naoružavati i seljačka se buna širila sve većom brzinom, a kmetovi na tim područjima počeli su otkazivati poslušnost svojim gospodarima. Sastavljen je i ratni plan po kojem su seljaci okupljeni oko Matije Gupca i Ivana Pasanca trebali ostati u Donjoj Stubici, glavnom žarištu pobune, kao dio vojske koja će braniti to područje, ali i čuvati granice prema Osmanlijama, kako oni ne bi mogli iskoristiti nastalu situaciju i napasti zemlju. Ilija Gregorić vodio je seljake iz podsljemenskog Cesargrada, koji su bili začetnici bune. Ubrzo se buna proširila i cijelom Kranjskom i Štajerskom, a jedinice seljaka hrabro su se borile i osvajale sve više prostora, pa tako i područje između Brežica i Mokrica.

Njihovi ciljevi, ukidanje feudalizma i preuzimanje vlasti osnivanjem svojevrsnog carskog namjesništva u Zagrebu, bili su sve bliži.

Izdaja žumberačkih uskoka i hrabra borba seljaka do same smrti
Tada dolazi do preokreta. Naime, Žumberački uskoci, dobro naoružani i iskusni vojnici na koje su seljaci računali, nakon kraćeg oklijevanja stavili su se na stranu feudalaca (koji su ih za to bogato nagradili). Dana 5. veljače 1573. vojska seljaka doživljava prvi poraz kod Krškoga, upravo od uskočkih četa koje je vodio kapetan Thurn. U bitkama kod Kerestinca, Mokrica i Krškoga stradao je veliki broj seljaka što ih je obeshrabrilo, pa je njihov daljnji otpor na tim područjima sve više slabio. Vojska poslana od velikaša stalno se povećavala i bio je to početak kraja hrvatsko-slovenske seljačke bune.

Odlučujuća bitka dogodila se 9. veljače 1573. kod Stubičkih Toplica. Kraljevsku vojsku vodio je podban Gašpar Alapić (kasnije hrvatski ban), a kada je Matija Gubec saznao da im se kraljevi vojnici približavaju, odlučio se boriti do kraja. U početku su se seljaci hrabro borili, ali brojčana nadmoć i opremljenost oružjem svakako nisu bili na njihovoj strani i poraz je bio neminovan. Mogaić je poginuo na bojnom polju kao i još mnogo seljaka, a velik broj ih je zarobljen.

Matija Gubec i Ivan Pasanec dovedeni su u Zagreb i na stravičan način pogubljeni na Markovom trgu 15. veljače 1573. godine. Kako legenda kaže Gubec je morao nositi užarenu krunu na glavi da bi ga nakon toga mađarski vlastelin Morencz Bahiczy rasčetvorio.

Postupanje plemstva prema seljacima – strašan kraj
Postupanje plemstva s pobunjenim seljacima po gušenju velike seljačke bune 1573. prema kronici Nikole Istvánffyja bilo je više nego brutalno i nemilosrdno:
“Nemilosrdan i neumjeren bio je postupak protiv onih, koji su se predali ili bili zarobljeni. Na sve strane po obližnjim stablima i seoskim kućama visjeli su na poprečno spojenim motkama, da ih svatko može vidjeti, a na jednoj vrlo visokoj i razgranatoj divljoj kruški, koja slučajno bijaše izrasla uz vojničku cestu, bijaše o konopcu obješeno šesnaest ili više nesretnih seljaka i izloženo vjetrovima da ih njišu i pticama da ih kljucaju. Nekima su pak bili odsječeni nos i uši, pa su tako osakaćeni pušteni, da trajno nose sramotnu uspomenu na bunu i bezbožno podizanje mača protiv svojih gospodara. Sam Gubec, zlokobni vođa zločinačke vojske i kako ga sami nazivahu kralj, bio je živ uhvaćen, što je bilo osobito drago plemstvu i njegovim vođama, te doveden u Zagreb. Tu je on, pošto je pred njegovim očima bio pogubljen Andrija Pasanec, njegov zamjenik u vojsci, najprije bio strašno izmrcvaren usijanim kliještima, zatim okrunjen željeznom krunom i to usijanom i najposlije rasčetvoren kao razbojnik…”