Iako je prije samo mjesec dana, prilikom primanja nagrade za najboljeg igrača SuperSport HNL-a, Marko Livaja izjavio da se čuo s predsjednikom Hrvatskog nogometnog saveza Marijanom Kustićem i da ima želju vratiti se u reprezentaciju, do toga još uvijek ipak neće doći. Napadač Hajduka je danas javio izborniku Zlatku Daliću da se još ne planira vratiti u reprezentativni dres, piše Index. 

Kustić je ključna osoba u pokušaju da se Livaju vrati u reprezentaciju, a on je došao u Split zajedno sa Zlatkom Dalićem te je pozvao kapetana Hajduka na zajednički razgovor, nakon kojega je ostalo na Marku da prelomi. Livaja je na kraju prelomio da je još prerano za povratak te danas o tome obavijestio izbornika. Hrvatska će tako dvomeč četvrtfinala Lige nacija protiv Francuske igrati bez Livaje, iako se prva utakmica igra na Poljudu.

Oprostio se porukom na Instagramu
Livaja se službeno od igranja za Hrvatsku oprostio u listopadu 2023. godine. Tada je na Instagramu napisao:

"Nakon dugog razmišljanja donio sam odluku o odlasku iz hrvatske reprezentacije o čemu sam prije ove objave obavijestio Hrvatski nogometni savez. Izborniku i stožeru zahvalan sam na svom vremenu provedenom u reprezentaciji i priznanju kao igraču, a uvijek će mi posebno u srcu ostati bronca iz Katara i atmosfera koja je vladala među suigračima te radost u cijeloj državi i dijaspori koja je vladala zbog sjajnog uspjeha.

Ponosan sam na svaki nastup za moju domovinu i želio bih da fokus i pozitiva budu usmjereni prema igračima, nadam se da će u miru i bez tenzija dočekati sljedeće bitne utakmice. Hvala svima na podršci, a reprezentaciji od srca želim sreću i uspjeh sada i u daljnjoj budućnosti."

Debitirao 2018.
U kolovozu 2018. godine, zbog odličnih nastupa u dresu atenskog AEK-a, izbornik Zlatko Dalić prvi put je priključio Livaju nacionalnoj vrsti za prijateljski nastup protiv Portugala (1:1) i okršaj UEFA-ine Lige nacija protiv Španjolske, koji je završio najvećim porazom Hrvatske u povijesti (0:6).

Mjesec dana kasnije Dalić ga je uvrstio i na popis igrača za Svjetsko prvenstvo u Kataru 2022. Na tom je Svjetskom prvenstvu 27. studenoga Livaja postigao pogodak u utakmici protiv Kanade koja je završila pobjedom Hrvatske 4:1. Njime je postao prvi igrač Hajduka koji je postigao pogodak za Hrvatsku na Svjetskom prvenstvu.

Skandal na Rujevici 
Zašto je napustio reprezentaciju?

Problemi s Livajom krenuli su u lipnju na pripremama za završnicu Lige nacija. Reprezentacija je trenirala na Rujevici, na kojoj je jedan navijač izvrijeđao Livaju nakon tenzija na utakmicama Hajduka i Rijeke te poslije finala Kupa protiv Šibenika, koje se igralo na Rujevici.

Livaja je napustio pripreme reprezentacije, a Dalić ga potom nije zvao za kvalifikacijske utakmice u lipnju. Utakmica s Latvijom igrala se na Rujevici i Dalić je odlučio da je bolje da Hajdukova napadača ne zove na to okupljanje.

Livaju je u reprezentaciju vratio za utakmice s Turskom i Walesom, no hajdukovac je uoči utakmice odlučio da je kraj i da za reprezentaciju više neće igrati. U šturoj objavi na Instagramu rekao je da će uvijek biti navijač reprezentacije i to je - to.